Die Dauerausstellung präsentiert das Leben und den Alltag im Legionslager Vindonissa. Zu sehen sind viele Originalfundstücke aus dem einzigen römischen Militärlager der Schweiz. Das Vindonissa Museum ist im Besitz der weltweit grössten Sammlung an originalen Schreibtafeln aus Holz, die von Befehlen, Erlebnissen und Liebesdingen im Legionslager erzählen. Weiter werden Themen wie die Macht Roms in Vindonissa beleuchtet, Herrschen, Verwalten, Bewaffnen, Bauen, Verehren oder Glauben. Die Exponate sind durch Filme, Hörgeschichten und Spiele ergänzt. Das dreidimensionale Modell des Legionslagers bildet das Zentrum der Ausstellung und ermöglicht einen detaillierten Blick ins Lager.

Die Kantonsarchäologie zeigt in der Vitrine AKTUELL jedes Jahr ihre neusten und wichtigsten Funde. Thema sind aktuelle Grabungen, aussergewöhnliche Funde oder Forschungsergebnisse